Theo đó, hiện nay, các cảng hàng không, cảng biển, các tuyến đường sắt phía Bắc đã hoạt động trở lại bình thường. Riêng tuyến Yên Viên - Lào Cai vẫn đang phong tỏa các khu gian từ Đoan Thượng - Lào Cai (Km140+530 - Km293+560) để các đơn vị khắc phục sự cố do mưa lũ gây ra; dự kiến ngày 15/9 thông đường.
Về lĩnh vực đường bộ, thiệt hại đối với kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ chủ yếu đối với các tuyến quốc lộ từ Thanh Hóa và các tỉnh phía Bắc. Tổng số vị trí bị ảnh hưởng, thiệt hại là 4.177 vị trí, đoạn đường bị thiệt hại.
Bước đầu ước tính giá trị thiệt hại cần khắc phục đối với quốc lộ từ ở khu vực phía Bắc khoảng 2.900 tỷ đồng. Trong đó, chi phí dự kiến xây dựng lại cầu Phong Châu mới với dự kiến khoảng hơn 800 tỷ đồng.
Do ảnh hưởng bởi bão và hoàn lưu bão số 3, 820 vị trí trên quốc lộ bị tắc; trong đó 567 vị trí tắc do sạt lở, hư hỏng công trình, hiện đã khắc phục được 555 vị trí để thông xe, còn lại 12 vị trí nằm rải rác ở địa phận các tỉnh Lào Cai, Bắc Cạn 3, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Cao Bằng, Quảng Ninh và Nam Định.
Trên quốc lộ, 253 vị trí tắc đường do ngập nước, hiện nay nước đã rút và đã khắc phục để thông xe 246 vị trí, còn 7 vị trí nước ngập sâu tại Hà Nam, Thanh Hóa, Phú Thọ và Ninh Bình.
Hiện Bộ Giao thông Vận tải đang triển khai quyết liệt máy móc, phương tiện và nhân lực để sớm khắc phục dứt điểm các vị trí sạt lở.
Trong lĩnh vực đường thủy nội địa, tại các tỉnh, thành phố bao gồm Hà Nội, Phú Thọ, Nam Định, Hải Dương, Bắc Ninh, Bắc Giang, Thái Bình, Hà Nam, Hòa Bình, Ninh Bình, Hưng Yên, Yên Bái, Vĩnh Phúc và Thái Nguyên có 10/763 cảng, bến luồng đã hoạt động. Tại các tỉnh Hải Phòng, Quảng Ninh, Hải Dương còn 98/155 cảng, bến chưa hoạt động.
Dự kiến, các cảng bến sẽ hoạt động trở lại sau khi mực nước trên các tuyến sông đảm bảo an toàn, các thông báo hạn chế giao thông được gỡ bỏ, triển khai các hệ thống báo hiệu trên tuyến, luồng và khắc phục các thiệt hạ do bão gây ra.
Để khắc phục hậu quả sau bão, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu các cơ quan, đơn vị trực thuộc chỉ đạo các đơn vị quản lý, bảo trì đường bộ tập trung phương tiện, vật tư, thiết bị và nhân lực để triển khai các phương án đảm bảo an toàn giao thông và khắc phục hậu quả do mưa lũ gây ra trên các tuyến quốc lộ trong thời gian nhanh nhất, đặc biệt là các tuyến đường phục vụ công tác cứu hộ, cứu nạn, đường kết nối các vùng dân cư còn bị cô lập, các trục giao thông chính.
Các cơ quan, đơn vị chỉ đạo các đơn vị quản lý đường sắt thực hiện nghiêm ngặt chế độ tuần tra, chốt gác các công trình, vị trí xung yếu, khu vực trọng điểm, đặc biệt là tại các cầu bắc qua sông đang bị ảnh hưởng của mưa lũ, đoạn đường có nguy cơ xảy ra ngập nước, đá rơi, đất sụt... để kịp thời có phương án ứng phó hoặc dừng chạy tàu nhằm đảm bảo an toàn giao thông, an toàn công trình; tập trung phương tiện, vật tư, thiết bị và nhân lực khắc phục hậu quả mưa lũ để đảm bảo thông tuyến trong thời gian nhanh nhất.
Bên cạnh đó, các cơ quan, đơn vị chỉ đạo các đơn vị hàng hải, đường thủy nội địa tăng cường công tác kiểm tra tuyến luồng, kịp thời có biện pháp thu hồi, đưa báo hiệu bị trôi dạt về đúng vị trí, khôi phục báo hiệu hư hỏng để bảo đảm an toàn cho tàu thuyền hoạt động.
Bộ Giao thông Vận tải cũng yêu cầu Trung tâm Phối hợp tìm kiếm cứu nạn hàng hải Việt Nam tiếp tục phối hợp với các lực lượng của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an và các lực lượng chức năng khác tại địa phương trong công tác cứu nạn, tìm kiếm người còn đang mất tích trên biển do bão số 3 gây ra.
Về thiệt hại do sạt lở, lũ quét gây thiệt hại tại làng Nù - Bảo Yên - Lào Cai (sáng 10/9), Bộ Giao thông Vận tải chỉ đạo các đơn vị đường bộ huy động lực lượng, thiết bị, phối hợp với các lực lượng của địa phương triển khai khắc phục ngay các điểm sạt, trượt, thông tuyến để mở đường cho các lực lượng cứu hộ tiếp cận hiện trường trong thời gian sớm nhất.
Để hỗ trợ các địa phương khắc phục hậu quả thiên tai, Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo Cục Đường bộ Việt Nam hỗ trợ cấp rọ thép với số lượng 15.500 rọ cho 7 tỉnh gồm: Yên Bái (5.000), Lào Cai (3.000), Cao Bằng (2.500), Hà Giang (1.500), Bắc Kạn (1.500), Lai Châu (1.000), Điện Biên (1.000).
Thứ trưởng Nguyễn Xuân Sang đã trao 4 tỷ đồng tiền ủng hộ của người lao động ngành giao thông vận tải cho Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Bên cạnh đó, nhiều đơn vị vận tải đường bộ, đường sắt, hàng không đã tham gia vận chuyển miễn phí hàng cứu trợ từ mọi miền Tổ quốc đến đồng bào khu vực bị ảnh hưởng bão lũ tại miền Bắc.