Theo phê duyệt, ranh giới lập Đồ án Điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Vân Phong đến năm 2040, tầm nhìn đến 2050 bao gồm toàn bộ diện tích tự nhiên các xã: Vạn Thạnh, Vạn Thọ, Đại Lãnh, Vạn Phước, Vạn Bình, Vạn Long, Vạn Khánh, Vạn Thắng, Vạn Phú, Vạn Lương, Vạn Hưng và thị trấn Vạn Giã thuộc huyện Vạn Ninh; các phường Ninh Hiệp, Ninh Giang, Ninh Đa, Ninh Thủy, Ninh Diêm, Ninh Hải và các xã Ninh An, Ninh Thọ, Ninh Phước thuộc thị xã Ninh Hòa.
Quy mô diện tích khoảng 150.000 ha, bao gồm: diện tích phần mặt nước 79.178 ha, phần đất liền và đảo 70.822 ha.
Về tính chất, Khu kinh tế Vân Phong là khu kinh tế tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực, có vai trò đầu tàu thu hút đầu tư và là động lực phát triển kinh tế cho các vùng lân cận cùng cả nước. Trong đó, kinh tế biển đóng vai trò nền tảng, có cảng trung chuyển container quốc tế, dịch vụ logistics, đô thị, dịch vụ, du lịch, công nghiệp giữ vai trò quan trọng, kết nối hợp tác phát triển với những ngành kinh tế khác. Đặc biệt, đây còn là trung tâm dịch vụ du lịch và vui chơi giải trí tổng hợp cao cấp…
Về tầm nhìn cũng như chiến lược phát triển, đến năm 2050, sẽ đưa Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế biển năng động, thông minh, bền vững, bản sắc, có sự gắn kết giữa phát triển kinh tế - xã hội với đảm bảo quốc phòng, an ninh, góp phần đưa Việt Nam trở thành quốc gia biển mạnh, thịnh vượng; là khu kinh tế có tính cạnh tranh cao dựa trên các ngành trọng điểm lợi thế tự nhiên, là trung tâm hàng hải, du lịch, công nghiệp và cửa ngõ giao thương với thế giới của cả vùng duyên hải Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.
Theo định hướng, Khu kinh tế Vân Phong gồm: các khu phát triển dịch vụ, du lịch với nhiều loại hình sinh thái – vui chơi giải trí, nghỉ dưỡng cao cấp, sân golf, công viên chuyên đề, triển lãm du thuyền quốc tế kết hợp hoạt động tham quan, trải nghiệm… có tổng diện tích đất khoảng 2.613 ha, tập trung chủ yếu tại khu vực: Hòn Lớn, bán đảo Hòn Gốm, Đại Lãnh 2.027 ha; khu vực Dốc Lết 200 ha; các khu vực khác khoảng 386 ha;
Khu vực phát triển sản xuất công nghiệp, khu công nghiệp có tổng diện tích 2.721 ha, bao gồm các khu hiện đã có là khoảng 496 ha, các khu vực dự kiến phát triển công nghiệp đến năm 2030 khoảng 1.475 ha (Ninh Diêm 3, Vạn Lương, Ninh An, Ninh Diêm, Ninh Thọ), các khu vực dự kiến phát triển công nghiệp đến năm 2040 khoảng 750 ha;
Cảng biển, các trung tâm dịch vụ hậu cần, logistics 509 ha; các khu vực dự kiến phát triển cảng, hậu cần cảng khoảng 961 ha tại Bắc và Nam Vân Phong; khu vực dự kiến phát triển hậu cần cảng, logistic tại Ninh Phước khoảng 445 ha; Khu vực dự kiến phát triển hàng không khoảng 500 ha tại xã Vạn Thắng.
Về hệ thống du lịch, tập trung phát triển du lịch đặc thù với thế mạnh du lịch các điểm cảnh quan nổi tiếng và độc đáo tại đảo: Điệp Sơn, bãi Sơn Đừng, Mũi Đôi, biển Đại Lãnh, Hòn Ông, Vũng Đầm Môn… Những khu vực có bãi tắm đẹp như: khu vực Tuần Lê - Hòn Ngang, núi Khải Lương, đảo Hòn Lớn, bãi Dốc Lết…
Khu vực Vân Phong được xác định rất có tiềm năng phát triển thành khu du lịch quốc gia theo quy định của pháp luật về du lịch. Vì vậy, trong quá trình triển khai thực hiện quy hoạch cần ưu tiên những vị trí thuận lợi, quỹ đất dành cho phát triển hạ tầng kỹ thuật, cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ du lịch, đồng thời cần bảo vệ các vùng cảnh quan, các giá trị văn hóa và bảo tồn di tích có giá trị tạo thuận lợi cho phát triển sản phẩm du lịch…