Theo báo cáo nhanh từ UBND các huyện, thị xã, thành phố, thuộc Thanh Hoá, đến 14 giờ ngày 7/9 mưa, bão đã làm 1 người bị thương do bị cây đổ vào người khi tham gia giao thông, hiện tại sức khỏe đã ổn định (Lê Việt Anh, sinh năm 2004 quê xã Xuân Lam, huyện Thọ Xuân).
Mưa gió lốc làm 74 căn nhà ở các huyện miền núi bị thiệt hại. Trong đó, huyện Bá Thước có 2 nhà ở xã Điền Quang bị tốc mái hoàn toàn và bị tốc mái một phần (riêng 1 nhà bị tốc mái hoàn toàn phải sơ tán đến nơi an toàn với 4 khẩu). Huyện Cẩm Thủy bị 1 nhà ở xã Cẩm Thành bị tốc mái hoàn toàn phải sơ tán đến nơi an toàn với 2 khẩu. Huyện Mường Lát có 64 nhà bị thiệt hại (1 nhà bị tốc mái hoàn toàn; 59 nhà bị tốc mái một phần, 2 nhà bị cây đổ vào nhà, 2 nhà bị sạt lở móng nhà), riêng 1 nhà bị tốc mái hoàn toàn phải sơ tán đến nơi an toàn với 6 khẩu. Huyện Quan Hóa 7 nhà bị tốc mái một phần.
Về thiệt hại trong sản xuất nông nghiệp, huyện Mường Lát 0,11 ha hoa màu bị thiệt hại một phần (cây sắn). Huyện Bá Thước có 34,07 ha lúa bị đổ ngã. Mưa bão cũng làm 31 cây xanh trên địa bàn thành phố Thanh Hóa bị đổ gãy; 1 cây cột điện bị đổ, 1 xe máy bị hư hỏng và 4 bán bình bị hư hỏng tại xã Hải Hà, thị xã Nghi Sơn.
Để chủ động ứng phó với bão số 3, các huyện đã tổ chức sơ tán dân sinh sống tại các khu vực có nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất, vùng trũng đến nơi an toàn với 296 hộ/1.134 khẩu (Như Xuân 21 hộ/61 khẩu; Quan Hóa 142 hộ/533 khẩu; Thường Xuân 123 hộ/500 khẩu; Mường Lát 10 hộ/40 khẩu).
Để hạn chế thiệt hại do mưa lũ gây ra, các Công ty Khai thác công trình thủy lợi đã triển khai phương án đảm bảo an toàn cho các công trình được giao quản lý và chủ động bơm nước tiêu úng bảo vệ sản xuất nông nghiệp tại các khu vực xảy ra ngập, lụt. Hiện nay có 7 trạm bơm tiêu đang hoạt động (Công ty TNHH MTV Sông Chu 1 trạm, Công ty TNHH MTV thủy lợi Bắc Sông Mã 5 trạm và huyện Hà Trung 1 trạm bơm).