Năm 2023, Kiểm toán nhà nước đã thực hiện và hoàn thành cuộc kiểm toán Chuyên đề đánh giá tính hiệu quả các chính sách ưu đãi đầu tư và việc đầu tư xây dựng dự án đối với Khu kinh tế Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa và các khu công nghiệp, cụm công nghiệp trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa, Lâm Đồng, Phú Yên, Ninh Thuận giai đoạn 2020 - 2022.
Báo cáo kiểm toán đã phát hành của Kiểm toán nhà nước cho thấy, tại tỉnh Khánh Hòa, còn nhiều thiếu sót, bất cập, cụ thể: có 02 dự án cấp giấy chứng nhận đầu tư chưa phù hợp với quy hoạch; 28 dự án đầu tư chậm tiến độ nhiều năm; 03 dự án chậm tiến độ sử dụng đất so với tiến độ ghi trong dự án đầu tư nhưng Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong chưa tính và thông báo số tiền thuê đất phải nộp.
UBND tỉnh Khánh Hòa chưa thực hiện hỗ trợ giá thuê mặt bằng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa tại các khu công nghiệp, cụm công nghiệp trên địa bàn tỉnh giai đoạn 2021-2025 theo Nghị quyết số 16/2020/NQ-HĐND ngày 07/12/2020 của HĐND tỉnh. Ngoài ra,có 02 doanh nghiệp kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và 01 trường hợp ưu đãi tiền thuê đất chưa đúng quy định; 07 dự án đầu tư công tại khu kinh tế Vân Phong và 02 dự án tại cụm công nghiệp chậm tiến độ so với quyết định phê duyệt dự án ban đầu; 05 dự án tại khu kinh tế Vân Phong, và 02 dự án tại cụm công nghiệp chậm quyết toán dự án hoàn thành nhiều năm; 04 dự án khu tái định cư chưa phát huy hiệu quả theo mục tiêu đầu tư dự án, ảnh hưởng đến hiệu quả của nguồn vốn đầu tư từ ngân sách Nhà nước; Chủ đầu tư Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong chưa phê duyệt quy trình bảo trì đối với các 02 công trình cấp II.
Bên cạnh đó, có 55 trường hợp vị trí đất trong Khu kinh tế trong giai đoạn 2020-2022 chưa ra thông báo tiền thuê đất dẫn đến chậm huy động vào NSNN, trong đó có 17 trường hợp chưa xác định rõ nhiệm vụ tính, thông báo tiền thuê đất của Cơ quan Thuế hay Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong do các đơn vị này không có dự án đầu tư trong Khu kinh tế.
Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước chỉ ra quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế còn chưa quy định rõ ràng và chưa thống nhất với quy định tại Nghị định số 35/2022/NĐ-CP ngày 28/5/2022 của Chính phủ quy định về quản lý Khu công nghiệp và Khu kinh tế dẫn đến không có cơ quan nào chịu trách nhiệm tính và thông báo nghĩa vụ tài chính về đất đai với trường hợp các đơn vị không có dự án đầu tư trong khu kinh tế.
Tại tỉnh Lâm Đồng, có 02 cụm công nghiệp thành lập khi chưa có doanh nghiệp, hợp tác xã đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật hoặc đơn vị được giao nhiệm vụ đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật là chưa đủ điều kiện theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 10 và khoản 2 Điều 15 Nghị định số 68/2017/NĐ-CP;
Đồng thời, báo cáo cũng cho ghi nhận 1 cụm công nghiệp được UBND tỉnh Lâm Đồng chấp thuận chủ trương đầu tư, lựa chọn nhà đầu tư thực hiện đầu tư hạ tầng kỹ thuật trước khi thành lập cụm công nghiệp là không đúng theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Quyết định số 105/2009/QĐ-TTg ngày 19/8/2009 của Thủ tướng Chính phủ và khoản 1 Điều 15 Nghị định số 68/2017/NĐ-CP; UBND tỉnh Lâm Đồng cho thuê đất Khu công nghiệp Lộc Sơn vượt 11,58 ha so với diện tích quy hoạch được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; 23 dự án đầu tư trong Khu công nghiệp được chấp thuận vị trí thực hiện dự án và cho thuê lại đất không phù hợp giữa ngành nghề sản xuất, kinh doanh với quy hoạch chi tiết xây dựng được phê duyệt;
12 dự án chưa đưa hoặc chậm đưa đất vào sử dụng; 01 doanh nghiệp kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và 01 trường hợp ưu đãi tiền thuê đất chưa đúng quy định; 09 dự án chậm tiến độ so với quyết định phê duyệt dự án; 03 dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng cụm công nghiệp đã bàn giao đưa vào sử dụng nhưng chưa hoàn thành công tác quyết toán dự án, hạng mục công trình hoàn thành; tiếp nhận 06 doanh nghiệp đầu tư mới vào Khu công nghiệp Phú Hội trong giai đoạn 2020 - 2022 khi chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung không đúng quy định; 04 công trình, dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng cụm công nghiệp được ngân sách nhà nước hỗ trợ kinh phí đầu tư chưa được bàn giao đưa vào sử dụng…
Tại tỉnh Phú Yên, quy định một số chính sách ưu đãi và hỗ trợ đầu tư vào các KCN do Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Yên tham mưu UBND tỉnh Phú Yên ban hành Quyết định số 2159/2008/QĐ-UBND ngày 24/12/2008 không có trong quy định của pháp luật; UBND tỉnh cho phép Công ty TNHH CCIPY Việt Nam được ổn định mức giá thuê lại đất hàng năm và tiền sử dụng hạ tầng trong suốt thời gian thuê đất, không có trong quy định của pháp luật; tỉnh Phú Yên sử dụng ngân sách nhà nước để đầu tư hạ tầng kỹ thuật KCN Hòa Hiệp, KCN An Phú, KCN Đông bắc Sông Cầu chưa được quy định tại Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 và Nghị định số 82/2018/NĐ-CP ngày 22/5/2018 quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế; 01 dự án cho thuê đất khi chưa thực hiện xong việc bồi thường, giải phóng mặt bằng, 01 dự án cho thuê đất khi chưa đủ điều kiện để thành lập KCN; 01 dự án chưa được cho thuê lại đất, chưa được cấp giấy phép xây dựng đã triển khai xây dựng và đi vào hoạt động; 29 dự án trong các KCN được chấp thuận vị trí thực hiện dự án và cho thuê lại đất không phù hợp giữa ngành nghề sản xuất, kinh doanh với quy hoạch chi tiết xây dựng được phê duyệt.
Bên cạnh đó, tỉnh Phú Yên chưa điều chỉnh giá cho thuê lại đất đã phát triển cơ sở hạ tầng tại các KCN trên địa bàn tỉnh sau khi hết thời hạn ổn định 05 năm và mức thu tiền sử dụng cơ sở hạ tầng sau khi hết thời hạn ổn định 03 năm theo quy định; quy định giá cho thuê lại đất đã phát triển cơ sở hạ tầng và thu tiền sử dụng cơ sở hạ tầng bằng đồng ngoại tệ không đúng quy định; ban hành đơn giá xử lý nước thải tại các Khu công nghiệp chưa đúng thẩm quyền; 02 dự án chậm tiến độ so với quyết định phê duyệt dự án, chủ trương đầu tư; 01 dự án Chủ đầu tư lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành chậm; 03 công trình, hạng mục công trình đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật đã bàn giao đưa vào sử dụng nhưng chưa hoàn thành công tác quyết toán dự án và 02 dự án còn nợ đọng xây dựng cơ bản; 01 doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư tại Khu công nghiệp, kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất chưa đúng quy định…
Tại tỉnh Ninh Thuận, Ban Quản lý các Khu công nghiệp chưa trình UBND tỉnh ban hành quy định về mức giá cho thuê cơ sở hạ tầng tại Khu công nghiệp Thành Hải khi đến thời hạn phải điều chỉnh giá, chưa thực hiện nội dung kiểm tra, giám sát, đánh giá việc thực hiện mục tiêu đầu tư quy định tại Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư; tiến độ góp vốn và thực hiện kiểm tra chưa đầy đủ các điều khoản cam kết đối với các dự án được hưởng ưu đãi đầu tư; 01 khu công nghiệp chưa thực hiện đăng ký giá cho thuê cơ sở hạ tầng theo quy định và 01 Khu công nghiệp chưa xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung giai đoạn 1; 01 doanh nghiệp kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp không đúng quy định; 01 dự án giá trị giải ngân công tác giải phóng mặt bằng vượt giá trị giải phóng mặt bằng trong tổng mức đầu tư được duyệt làm vượt tổng mức đầu tư dự án nhưng chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh và còn nợ đọng xây dựng cơ bản…
Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị xử lý tài chính tăng thu ngân sách Nhà nước 2,222 tỷ đồng; thu hồi nộp ngân sách nhà nước các khoản chi sai quy định 617,6 triệu đồng; giảm giá trị thanh toán 1,088 tỷ đồng; thu hồi kinh phí thừa 1,090 tỷ đồng; xử lý số liệu khác 2,080 tỷ đồng.
Kiểm toán nhà nước kiến nghị UBND 04 tỉnh nói trên thực hiện và chỉ đạo các đơn vị tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan và xử lý theo quy định; chấn chỉnh, rút kinh nghiệm và khắc phục hạn chế, tồn tại trong công tác quản lý Nhà nước đối với khu kinh tế, khu công nghiệp và cụm công nghiệp.