Trong vụ án này, ngoài ông Trần Hùng kêu oan, 17 người khác cũng kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt hoặc xin được hưởng án treo.
Sau khi xem xét, tòa phúc thẩm quyết định bác kháng cáo của ông Trần Hùng. Như vậy, ông Hùng bị tuyên y án sơ thẩm là 9 năm tù về tội “Nhận hối lộ”.
Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo của bị cáo Cao Thị Minh Thuận (Giám đốc Công ty Phú Hưng Phát), tuyên phạt bị cáo này 8 năm tù về tội “Sản xuất, buôn bán hàng giả” (giảm 2 năm tù). Bị cáo Lê Việt Phương (cựu cán bộ Quản lý thị trường Hà Nội) được chuyển từ 30 tháng tù sang cho hưởng án treo về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Đối với các bị cáo còn lại, tòa xét thấy họ đều ăn năn, hối cải, tự nguyện khắc phục hậu quả, có bị cáo xuất trình thêm tình tiết giảm nhẹ mới nên tòa chấp thuận kháng cáo của 11 bị cáo liên quan, trong đó 8 bị cáo được hưởng án treo.
Theo Hội đồng xét xử phúc thẩm, lời khai của các bị cáo trong việc sản xuất, buôn bán hàng giả tại phiên tòa phúc thẩm cơ bản phù hợp với lời khai của các bị cáo tại phiên sơ thẩm, người liên quan, tài liệu chứng cứ khác có trong hồ sơ vụ án.
Do đó, có đủ cơ sở kết luận Cao Thị Minh Thuận cùng đồng phạm sản xuất số lượng lớn sách giáo khoa giả, tiêu thụ hơn 6 triệu quyển sách giả. Trong đó, Thuận là người điều hành toàn bộ sản xuất, chỉ đạo nhiều bị cáo khác thực hiện hành vi sai phạm.
Sau khi vụ việc Công ty Phú Hưng Phát bị phát hiện, bị cáo Thuận liên hệ với Trần Hùng nhờ giúp đỡ và ông Hùng ra điều kiện sẽ tha nếu Thuận chỉ ra các cơ sở vi phạm khác. Thuận thông qua Nguyễn Duy Hải đặt vấn đề sẽ đưa tiền cho Trần Hùng.
Theo tòa phúc thẩm, bị cáo Hùng được phân công là Tổ trưởng Tổ 304; sau khi tiếp nhận nguồn tin về vụ việc Công ty Phú Hưng Phát, Hùng phối hợp với tổ công tác kiểm tra, xác định rõ vụ việc, phân công các việc của Đội Quản lý thị trường số 17…
Căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ, lời khai của các bị cáo khác, kết quả thực nghiệm điều tra…, Hội đồng xét xử kết luận sau khi bị kiểm tra, Thuận thông qua bị cáo Nguyễn Duy Hải đặt vấn đề nhờ Trần Hùng giúp đỡ.
Bị cáo Hùng không thừa nhận việc nhận 300 triệu đồng. Tuy nhiên, căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ, đủ cơ sở kết luận việc đưa tiền của Nguyễn Duy Hải cho Hùng là có thật. Sau đó, Trần Hùng hướng dẫn Thuận thay đổi lời khai về nguồn gốc số sách.
Tòa án kết luận, bị cáo Trần Hùng đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, nhận 300 triệu đồng để giúp đỡ Thuận thay đổi lời khai, để vụ việc chỉ bị xử lý hành chính.
Việc xét xử bị cáo về tội “Nhận hối lộ” là đúng người, đúng tội, không oan. Trên cơ sở đánh giá tính chất, mức độ, tình tiết giảm nhẹ, theo tòa phúc thẩm, bản án 9 năm tù là tương xứng, đúng pháp luật.
Trong quá trình điều tra, truy tố và xét xử sơ thẩm, phúc thẩm, ông Hùng liên tục kêu oan. Tại tòa, ông Hùng khai nhận, "khi tôi công tác, không có đối tượng nào mua chuộc được tôi”, “chỉ cần nói tiền tôi chửi và đuổi ra khỏi phòng”. Ông Hùng còn nói trong vụ án này người khác mới là người nhận hối lộ và “người giả làm sao chống được hàng giả”.
Quá trình tranh tụng, bào chữa cho ông Trần Hùng, luật sư khẳng định tòa sơ thẩm đã kết tội bị cáo mà không có chứng cứ trực tiếp. Ông Trần Hùng bị buộc tội căn cứ vào trích xuất dữ liệu điện tử, thu giữ thư tín, điện tín các số thuê bao có liên quan; trích xuất các file ghi âm trong điện thoại Trần Hùng và lời khai duy nhất cùng sơ đồ Hải vẽ phòng làm việc của Trần Hùng.
Luật sư nhấn mạnh không có căn cứ chứng minh “túi nilon đen” có 300 triệu đồng. Cơ quan tiến hành tố tụng chỉ căn cứ vào lời khai của bà Thuận, Nguyễn Mạnh Hà và Hải để xác định “túi nilon đen” Hải mang đến phòng làm việc của Trần Hùng và mang đến quán ăn có chứa 300 triệu đồng. Nhưng trên thực tế không một ai chứng kiến, nhìn thấy chính xác đó là tiền.